Nauja programinė įranga padės suprasti virusus

Southampton universiteto kompiuterių specialistai ir biologai, naudodami jungtinius šios institucijos išteklius, sukūrė programinę įrangą, padedančią geriau suprasti, kaip veikia virusai. Organizacijos „OMII-UK“, apimančios universiteto elektronikos ir kompiuterių mokslo mokyklą („School of Electronics and Computer Science“) bei Biologijos mokslo mokyklos („School of Biological Sciences“) grupę, mokslininkai, naudodami naujausius elektroninių tyrimų metodus, bandė geriau suprasti virusus.

Bioinformatikos ir molekulinės evoliucijos grupės („The Bioinformatics and Molecular Evolution Group“) vadovas Richard Edwards tiria baltymų sąveiką. Jis ypač domisi trumpaisiais, linijiniais motyvais, žinomais kaip SLiM. Ši grupė, siekdama pagerinti savo programinę įrangą „SLiMFinder“, dirbo su „OMII-UK“. „SLiMFinder“ – tai sistema, palyginanti viruso ir žmogaus baltymus ir leidžianti biologams geriau suprasti abi šias formas. „Baltymas gali būti suvokiamas kaip aminorūgščių seka, tai tarsi granulės, esančios vienoje eilutėje, – aiškino Richard Edwards. – SLiMs sudaro 3 – 5 specialios aminorūgštys, esančios baltymuose. Jos gali būti atsakingos už signalų sąsają, esančią tarp baltymų. SLiM yra naudingi virusams. Jie yra maži, dėl to virusams gana paprasta sukurti juos primenančią struktūrą ir tokiu būdu perimti signalų sąsają, kurią valdo SLiMs“.

Šio tyrimo metu Richard Edwards sukūrė programinę įrangą „SLiMFinder“, kuri numato SLiMs, atsakingus už specifinių baltymų sąveiką. Šio bendradarbiavimo tikslas – sukurti informacijos srautą, reikalingą „SLiMFinder“, naudojančiai „Taverna“ programinę įrangą. Tai leidžia automatizuoti kartojamas užduotis, tokias kaip duomenų rinkimas iš duomenų bazių arba manipuliavimas duomenimis. Programinės įrangos kūrimą finansavo „Engage“ projektas. „Tai leido „SLiMFinder“ paversti įrankiu, galinčiu būti labai naudingu biologijos mokslui“, – tvirtino Richard Edwards.

Leave Comment

El. pašto adresas nebus skelbiamas. Būtini laukeliai pažymėti *